Ejecutar operaciones de contrainteligencia que impidan, corten y prevengan las actividades de espionaje e inteligencia enemiga; así como contribuir con la investigación penal en el ámbito militar y civil para garantizar la protección del Comandante en Jefe y la seguridad de la FANB, mediante el mantenimiento del apresto operacional, el fortalecimiento de la disciplina, la seguridad de la información y el correcto uso de los procedimientos militares que permitan la mejor conducción, establecimiento, formación y ejecución del trabajo de contrainteligencia logrando el fortalecimiento de la Seguridad y Defensa Integral de la Nación.
Ser el órgano de la contrainteligencia militar ejemplo y referencia para los países aliados y el resto del mundo por su alta eficiencia calidad y excelencia en el cumplimiento de su misión, en la aplicación de técnicas operativas y en el uso de las más avanzadas tecnologías.
A mediados de siglo XX en el año de 1946, la organización funcionaba como un negociado de información adscrito a la segunda sección del Estado Mayor General, posteriormente y de conformidad a los planes del Ministerio de la Defensa fue creado el Servicio de Información de las Fuerzas Armadas (S.I.F.A), según Orden General No. 15 del 30 de Agosto de 1957 y firmada por el Ministro de la Defensa, GRAL. BGDA. (EJ) OSCAR MAZZEI CARTA. Años después en 1974 nace la Dirección de Inteligencia Militar (DIM), de conformidad a la reorganización del Ministerio de la Defensa puesto en vigencia el día 20 de Junio de 1973 según Resolución No. DG-190.
Tres años más tarde, en el año 1977 conforme a lo establecido en el Reglamento Orgánico del Ministerio de la Defensa, puesto en vigencia por decreto ejecutivo No. 2078 del 22 de Marzo de 1977 y resolución No. DG 2662 de fecha de 16 de Mayo de 1977, la organización se eleva a la categoría de "Dirección General Sectorial de Inteligencia Militar" (D.G.S.I.M.), Actualmente se encuentra en reestructuración, en la cual se modifican las Siglas D.G.S.I.M. por las nuevas siglas D.G.I.M. que traducen "Dirección General de Inteligencia Militar", EL 21 de Julio de 2.011, según Resolución Nº 018758, se transforma la Dirección General de Inteligencia Militar (D.G.I.M.) en Dirección General de Contrainteligencia Militar (D.G.C.I.M.) debido a las nuevas definiciones de la doctrina militar fundamentadas en el trabajo del grupo de tarea "libertad" se determinó que estas deben estar separadas; pues su misión, objetivos, funciones y doctrinas son diferentes, evolucionando hacia un nuevo y moderno centro de procesamiento de Inteligencia, adecuado a los nuevos retos en cuanto a Tecnología y procesamiento de información, Permaneciendo así hasta la presente fecha, encontrandose bajo la Dirección de General de Brigada Iván Rafael Hernández Dala Según Gaceta Oficial N° 40.333 del miércoles 15 de enero de 2014 bajo Resolución N° 003546.
